通过对比转录组分析法寻找多房棘球绦虫成囊与成虫发育差异基因

摘要

目的 拟通过对比转录组分析法寻找多房棘球绦虫成囊与成虫发育差异基因。方法基于负二项分布原理利用生物信息学edgeR软件对NCBI数据库的多房棘球绦虫不同发育阶段（原头蚴、囊泡和成虫）转录组测序数据进行对比分析，并用Benjamini-Hochberg法校正P值。将获取的基因通过Wormbase Parasite数据库注释，再进一步通过生物信息学GO软件对差异基因进行分子功能、生物进程及细胞组分分析，通过生物信息学KEGG软件对差异基因进行通路显著性富集分析。结果 对比分析NCBI数据库的多房棘球绦虫不同发育阶段（原头蚴、囊泡和成虫）转录组测序数据的结果显示，从原头节向囊泡的发育过程中，有2 910个阶段性差异基因，通过GO、KEGG富集分析发现，差异基因主要富集在细胞质囊泡形成等过程，涉及糖酵解、糖异生和三羧酸循环信号通路等能量代谢通路；从原头节向成虫的发育过程中，有5 950个阶段性差异基因，通过GO、KEGG富集分析发现，差异基因主要富集在运动发育等过程，涉及雌激素信号通路等分化免疫相关通路。在成囊分化过程中，糖酵解途径中的乳酸脱氢酶等3个糖酵解代谢酶和三羧酸有氧代谢途径中的苹果酸脱氢酶等3个关键酶表达上调；而在成虫分化过程中，糖酵解途径中的果糖二磷酸脱氢酶等6个关键酶表达上调。结论 通过对比转录组分析发现，多房棘球绦虫原头节成囊与成虫分化关键基因存在高度差异性；多房棘球绦虫在成囊分化过程中的能量代谢呈现出以无氧糖酵解和有氧三羧酸循环并存的特征，而在成虫分化过程中的能量代谢呈现出无氧糖酵解代谢特征。

关键词

多房棘球绦虫 / 转录组 / 基因

基金资助

国家自然科学基金项目（No.32360192）; 国家卫生健康委包虫病防治研究重点实验室开放课题（2023WZK1003）