空间转录组学联合单细胞测序分析E2F5在口腔鳞状细胞癌中的高表达特征

摘要

目的：探讨E2F转录因子5(E2F5)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达模式，对细胞增殖的影响及其与免疫微环境的关系。方法：利用10X Genomics Visium平台空间转录组数据分析E2F5的空间分布特征；基于单细胞RNA测序数据，分析E2F5在不同细胞亚群中的表达模式；整合多中心数据，采用标准化均数差(SMD)和汇总受试者工作特征曲线(sROC)评估E2F5表达水平；并且分析E2F5表达与临床病理参数的关系；应用CRISPR敲除筛选技术评估E2F5对细胞增殖的影响；评估E2F5与免疫浸润的相关性。结果：空间转录组显示E2F5在OSCC肿瘤上皮区域呈高表达，与KRT5、KRT14、TP63等标志物空间共定位。单细胞测序分析679 641个细胞发现，E2F5主要在上皮细胞亚群高表达，尤其在KRT5+/KRT14+/TP63+/MKI67+增殖性上皮细胞中表达突出。E2F5 mRNA在OSCC组织中显著上调(SMD=0.28,95%CI=0.06～0.51)。E2F5高表达与T分期、淋巴结转移、临床分期、病理分级、性别、种族及饮酒史等显著相关(P<0.05)。CRISPR敲除显示E2F5缺失显著抑制OSCC细胞增殖(SCORE<0)。免疫浸润分析显示E2F5高表达与多种免疫细胞富集呈负相关。结论：E2F5可能通过调控细胞周期及免疫微环境促进OSCC细胞增殖。

关键词

E2F转录因子5 / 口腔鳞状细胞癌 / 空间转录组 / 单细胞测序 / CRISPR

基金资助

广西壮族自治区卫生健康委员会科研项目(Z-A20220459)