MLMT与MLST在新生隐球菌基因分型中的应用研究

摘要

目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序；计算各微卫星灶(CNG1、CNG2及CNG3)序列中简单重复序列的重复数，确定菌株MLMT的基因型；将本研究菌株的MLST中各位点序列和网上数据库相应序列进行对比，获取该菌株的MLST基因型；比较两种方法在分型中分辨能力。结果 在22株菌中，有16株的基因型为MLMT17/MLST5(16/22,72.73%),MLMT将所有菌株分为7型，而MLST分为4型；根据MLST分型，MLMT17、16、34及39的菌株为MLST5;MLMT2、14、29相对应MLST66、32及31;两种方法的分型分辨能力比较，差异无统计学意义(P=0.488)。结论 MLMT-17/MLST 5是我国和日本的新生隐球菌常见基因型，包含CNG1、CNG2及CNG3位点的MLMT可作为MLST的替代或补充。

关键词

新生隐球菌 / 多位点微卫星灶分型 / 多位点序列分型