星形细胞瘤相关潜在基因及免疫浸润分析

摘要

目的 运用生物信息学筛选星形细胞瘤的相关核心基因。方法 从GEO数据库下载星形细胞瘤表达数据集GSE70231和GSE138999，采用RStudio分析后得到差异表达基因（DEGs）。对DEGs进行GO和KEGG富集分析，应用STRING网站构建蛋白互作网络（PPI）后导入Cytoscape筛选核心基因。利用Sangerbox平台分析核心基因在肿瘤中的表达和对生存预后的影响。最后，利用RStudio对数据进行免疫浸润分析。结果 RStudio分析共1 261个DEGs；富集分析发现差异基因主要位于质膜和细胞质，参与化学突触传递和蛋白质结合等过程，与突触囊泡循环通路和胰岛素分泌通路相关。Cytoscape筛选出3个核心基因，分别是SNAP25、SYN1、SYT1。Sangerbox分析显示肿瘤与正常组织的核心基因表达存在明显的差别，并且高表达的核心基因整体生存相对较好。免疫浸润分析发现星形细胞瘤组织中，巨噬细胞（M1型和M2型）和中性粒细胞等浸润程度较高，而不同免疫细胞间也存在一定相关性。结论 SNAP25、SYN1、SYT1可能在星形细胞瘤发展过程中发挥作用，有望成为星形细胞瘤的潜在治疗靶点。

关键词

星形细胞瘤 / 生物信息学 / 核心基因 / 免疫细胞浸润分析

基金资助

广州市科技计划项目（201607010365）