基于网络药理学分析藤黄酸治疗牙周炎的分子机制

摘要

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨藤黄中主要成分藤黄酸(GA)在牙周炎治疗中的作用及分子机制。方法 使用SwissTargetPrediction、SEA及SuperPred数据库获取GA的相关靶点；利用GeneCards、DisGeNET及CTD数据库获取牙周炎的相关靶点；通过构建韦恩图获取药物和疾病的共同靶点；将共同靶点上传至STRING在线平台构建共同靶点“蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络”,并运用Cytoscape 3.10.0软件对PPI网络进行可视化处理并筛选出关键靶点；使用Metascape数据库对关键靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析，并构建“KEGG通路-关键靶点”网络图；通过PDB数据库获取药物关键靶点度值前10的靶点蛋白pdb文件，使用AutoDock4软件进行分子对接。结果 获得“药物-疾病”共同靶点185个，包括STAT3、CASP3、TLR4、HIF1-α、MTOR、STAT1、ITGB1、HDAC1、ITGB3、CASP8等核心靶点；KEGG分析共获得141条信号通路，包括中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)形成、PI3K-AKT、Toll样受体等多条信号通路；分子对接结果显示GA与对应关键靶点结合能均≤-5 kJ/mol,药物结合能力较好。结论 GA可通过参与NETs形成、PI3K-AKT、Toll样受体等通路，调节免疫反应、炎症反应、组织修复，发挥对牙周炎的治疗作用。

关键词

牙周炎 / 藤黄酸 / 网络药理学 / 分子对接

基金资助

广东省基础与应用基础研究项目(2020A1515110800)