转录组学测序鉴定CpG ODN对牙周炎基因疫苗的免疫增强作用

摘要

目的：通过转录组测序从分子层面分析CpG ODN佐剂增强牙周炎基因疫苗预防作用的潜在机制，并筛选出关键基因和信号通路用于后续研究。方法：将9只4～6周雄性Sprague-Dawley大鼠分成3组，通过鼻黏膜滴注方式对大鼠进行免疫，并于第7周处死。提取脾脏总RNA后进行RNA-seq建库和测序，通过基因本体论（Gene Ontology,GO）和京都基因及基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）路径富集分析筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。将筛选所得DEGs传至STRING数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络图，并采用Cytoscape软件进一步绘制网络图，通过RT-qPCR对关键基因进行验证。结果：综合GO、KEGG、PPI筛选出Oas2、Irf7、Np4、Defa11及Camp共5个关键基因，这些候选基因可能在牙周炎基因疫苗免疫机制中起关键作用。经RT-qPCR对关键基因验证显示，实验结果与转录组测序分析一致。结论：实验结果与基于转录组测序分析牙周炎基因疫苗预防效果的转录组测序结果一致，并筛选出5个参与CpG ODN佐剂与牙周炎基因疫苗协同作用的关键基因，在基因水平上初步探索了牙周炎基因疫苗的免疫机制。

关键词

CpG ODN / 牙周炎 / 基因疫苗 / RNA-seq测序