中山大学附属第三医院医学情报中心包括期刊中心和图书馆两个部门。期刊中心成立于2005年1月，现管理6本期刊：Journal of Brain and Spine、Liver Research、《新医学》《器官移植》《中华腔镜泌尿外科杂志（电子版）》《中华肝脏外科手术学电子杂志》。
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