链梗葡萄孢菌基因组中致病效应因子的预测及功能验证

摘要

为深入发掘链梗葡萄孢菌Streptobotrys caulophylli的致病效应因子，对链梗葡萄孢菌菌株StreptoBC-1进行全基因组测序，利用生物学信息学方法对获得的蛋白序列进行分泌蛋白预测，对获得的分泌蛋白进行碳水化合物酶类、毒力相关蛋白类型和致病效应因子进行预测，随机选择10个候选致病效应因子采用实时荧光定量PCR技术对其功能进行验证。结果显示：共获得9 833条蛋白序列，从中共筛选获得483个经典分泌蛋白，所占比例为4.9%；在483个经典分泌蛋白中，169个属于碳水化合物酶类，被注释到与灰霉病菌Botrytis cinerea毒力相关的蛋白有274个，共获得26个候选致病效应因子。黄瓜叶片接种链梗葡萄孢菌菌株StreptoBC-1 24 h时，在随机选择的10个致病效应因子中有9个致病效应因子编码基因的相对表达量均较对照显著上调，相对表达量为对照的1.9倍～3 196.8倍，1个致病效应因子较对照显著下调。表明筛选获得的效应因子与链梗葡萄孢菌侵染过程密切相关，且大部分候选致病效应因子正调控链梗葡萄孢菌的侵染。

关键词

链梗葡萄孢菌 / 基因组 / 碳水化合物酶类 / 致病效应因子 / 基因表达