一株内蒙古自治区武川县马铃薯黑胫病菌的分离鉴定及全基因组分析

摘要

为明确内蒙古自治区武川县马铃薯黑胫病的病原种类及其致病机制,从当地表现黑胫病的马铃薯植株上分离病原菌,利用薯块接种法和盆栽接种法验证其致病性,利用形态学特征结合分子生物学技术对致病菌株进行鉴定,采用Pacbio SequelⅡ三代测序技术测定致病菌株的全基因组序列并对其致病机制进行分析。结果表示:分离获得1株菌株TDHJ7,该菌株能引起马铃薯典型黑胫病症状,经形态学特征、16S rRNA序列分析以及全基因组比较最终将其鉴定为黑腐果胶杆菌Pectobacterium atrosepticum,该菌株的全基因组大小为4 997 951 bp,有4 623个编码序列。致病菌株基因注释结果显示,菌株TDHJ7中共有245个基因参与致病过程,其中参与果胶酶、纤维素酶和蛋白酶合成的基因分别有22、19和12个,参与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅵ型分泌系统的基因有171个,参与编码毒素的基因有21个,表明菌株TDHJ7可能主要通过产生果胶酶、纤维素酶和蛋白酶等细胞壁降解酶,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅵ型分泌系统参与毒素类物质的转运,同时产生毒素类物质来引起植物发病。

关键词

内蒙古自治区 / 马铃薯黑胫病 / 分离鉴定 / 全基因组 / 黑腐果胶杆菌 / 致病机制