基于高通量测序技术鉴定青花椒花叶病病原

摘要

为明确我国青花椒花叶病的病原及其基因组结构和分子特征，在青花椒产区调查花叶病的主要表现症状并采集病样，利用高通量测序技术鉴定病样中的病原种类，采用PCR或反转录PCR技术扩增病原基因组全长序列，并进一步对其结构、序列多样性及其与症状的相关性进行分析。结果表明：青花椒花叶病症状主要表现为叶片出现花叶、不规则的褪绿、黄化斑或带，部分感病叶片还伴随皱缩、叶缘缺刻症状；结合高通量测序结果和PCR或反转录PCR扩增序列，最终确认感花叶病样品中同时存在青花椒脉明伴随病毒（green Sichuan pepper vein clearing-associated virus,GSPVCaV）和青花椒耳突花叶病毒（green Sichuan pepper enamovirus,GSPEV），并克隆获得GSPVCaV-DJ分离物基因组，全长为8 099 nt，包含3个开放阅读框，属于杆状DNA病毒属Badnavirus的典型结构特征；序列比对发现GSPVCaV-DJ分离物与其余8条GSPVCaV分离物基因组的核苷酸序列一致性为97.2%～98.8%，相似性较高；在田间采集的感花叶病样品中均检出了GSPVCaV，无明显症状样品中则未检出该病毒，说明GSPVCaV与青花椒花叶病症状有较高的相关性，而GSPEV在这2种症状样品中均有检出，检出率达90%，表明GSPVCaV是引起我国青花椒花叶病的主要病原。

关键词

高通量测序 / 青花椒花叶病 / 病毒鉴定 / 基因组特征 / 相关性分析