黄精根状茎转录组SSR特点分析

摘要

为了解黄精根状茎转录组中简单重复序列SSR的分布特点，充分开发SSR分子标记，本研究对黄精根状茎进行转录组测序，SSR位点分析与引物设计。以获得的61 116条Unigene为试材，采用MISA软件检索出黄精的SSR位点，利用Primer 3软件对检索到的SSR基序进行引物设计。结果表明：黄精转录组中检索出30 541个SSR位点，其发生频率分别为49.97%。单核苷酸和二核苷酸重复是黄精SSR的主要基序类型，以A/T和AG/CT基序的出现频率最高，占SSR总数的68.84%。通过引物设计，最终在黄精转录组中获得15 842对引物。因此，我们认为黄精根状茎转录组SSR位点的出现频率较高，为黄精的遗传多样性分析、分子育种等研究提供参考。

关键词

黄精 / 转录组 / SSR / 序列特征 / 引物开发