黄颡鱼野生与养殖群体遗传多样性与遗传结构比较

摘要

为明确全雌黄颡鱼种群的遗传多样性特征与遗传结构，揭示其与野生、其他养殖群体的遗传学差异，以湖北省黄颡鱼为研究对象，对野生（LH）及含全雌（AF）种群在内的湖北省6个养殖群体（WH、QJ、YX、JM、JZ，均为繁殖亲本）的210尾个体进行全基因组重测序，系统分析这7个群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明，在遗传多样性方面，全雌种群的核苷酸多样性（nucleotide diversity, ND）、多态信息含量（polymorphism information content, PIC）、观测杂合度（observed heterozygosity, Ho）和期望杂合度（expected heterozygosity, He）分别为0.000 5、0.046 9、0.052 5和0.046 9，其他养殖群体平均值则分别为0.000 6、0.047 7、0.052 4和0.047 7，无显著差异；而野生群体ND、PIC、Ho和He分别为0.001 7、0.178 4、0.197 4和0.178 4，显著高于全雌及其他养殖群体。进一步分析雌性个体发现，全雌群体的ND、PIC、Ho和He值仍与其他养殖群体中雌性均值（分别为0.000 6、0.047 3、0.052 2和0.047 3）无显著差异，但均远低于野生雌性群体（分别为0.004 1、0.302 2、0.508 3和0.352 3）。遗传结构特征方面，系统发育树和主成分分析结果显示，全雌养殖种群中存在与其他6个群体亲缘关系较近的个体，且养殖群体与野生群体的部分个体也具有相似的遗传背景。综上，全雌及养殖群体遗传多样性接近，均显著低于野生群体，这也提示未来黄颡鱼育种工作中，针对性提升雌性亲本的遗传多样性对保障种质质量与产业可持续发展具有重要意义。

关键词

黄颡鱼 / 全雌种群 / 全基因组重测序 / 遗传多样性 / 遗传结构 / 遗传育种