线粒体翻译起始因子（MTIF2）基因甲基化的特征及其与肝细胞癌发生的相关性分析

Characteristics of mitochondrial translational initiation factor 2 gene methylation and its association with the development of hepatocellular carcinoma

摘要

目的 结合生物信息学分析方法对线粒体翻译起始因子（MTIF2）基因的甲基化特征进行分析，并探讨其与肝细胞癌发生发展的关系。 方法 应用MethSurv、EWAS Data Hub软件对MTIF2甲基化样本进行标准化分析和聚类分析，内容包括生存曲线分析、甲基化特征分析、肿瘤信号通路相关性及泛癌数据库比对分析。计量资料两组间比较采用成组t检验；多组间比较采用单因素方差分析，进一步两两比较采用LSD-t检验。使用Cox比例风险模型基于患者CpG部位的甲基化水平执行单变量和多变量生存分析。通过Kaplan-Meier图标识较低和较高甲基化患者组之间的生存差异。Log-likelihood ratio法用于组间生存差异分析。 结果 MTIF2甲基化整体聚类表明在种族、人种、BMI、年龄等特征间MTIF2基因甲基化水平没有明显差异。Kaplan-Meier生存曲线分析发现，MTIF2基因N-Shore高甲基化的患者预后明显好于低甲基化患者（HR=0.492，P<0.001），而CpG island和S-Shore甲基化的高低与生存率无明显差异（P值均>0.05）。基于不同年龄、性别、BMI、人种、种族、临床分期绘制MTIF2基因甲基化谱发现，随年龄增长会降低MTIF2基因N-Shore和CpG island的甲基化水平，白种人的MTIF2基因N-Shore的甲基化水平明显低于亚洲人（P<0.05），临床分期Ⅳ期患者MTIF2基因N-Shore和CpG island的甲基化水平明显低于Ⅰ/Ⅱ期患者（P值均<0.05）。临床验证试验表明，Ⅲ/Ⅳ期肝细胞癌患者MTIF2甲基化水平明显低于Ⅰ/Ⅱ期患者（P<0.05），且低于健康人群（P<0.05）。 结论 MTIF2基因N-Shore低甲基化是肝细胞癌发生发展的危险因素。

关键词

线粒体翻译起始因子 / 甲基化 / 癌， 肝细胞 / 计算生物学

Key words

Mitochondrial Translation Initiation Factor / Methylation / Carcinoma， Hepatocellular / Computational Biology