宏基因组测序在一起聚集性腹泻暴发事件病原学分析中的应用

摘要

目的 应用宏基因组测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）技术对一起腹泻病毒检测阴性的聚集性腹泻暴发事件进行病原学分析，探讨mNGS在腹泻暴发事件中的应用价值。方法 收集2023年9月一起腹泻病毒检测阴性的腹泻暴发事件的6份肛拭子样本，对其行mNGS，基于测序数据分析暴发事件的病原体以及毒力基因、耐药基因携带情况。结果 6份肛拭子样本均检测到大肠埃希菌，reads数为74～38 446，相对丰度为0.01%～20.15%，其中仅样本S5中检出肠集聚性大肠埃希菌中多种编码肠毒素的毒力基因astA、set1A、set1B及pet等；5份样本检测到产气荚膜梭菌，reads数为32～3 056，相对丰度为0.01%～0.10%，其中2株检出α毒素基因cpa，主要检出四环素类耐药基因tet(M)、tetB(P)、tetA(P);4份样本中检测到沙门菌，reads数为39～302，相对丰度为0.01%～0.03%，主要检出沙门菌毒力岛基因invC、prgH、prgJ、prgK等及氨基糖苷类、β-内酰胺类、喹诺酮类等多处基因斜体种耐药基因；1份样本中检测到空肠弯曲菌，reads数为640，相对丰度为0.05%，主要检出氨基糖苷类耐药基因APH(2'')-If、APH(3')-IIIa及四环素类耐药基因tet(O)，未检出毒力基因。结论 本次聚集性腹泻暴发事件可能由产气荚膜梭菌、沙门菌、空肠弯曲菌及肠集聚性大肠埃希菌感染导致，mNGS可应用于腹泻暴发的病原学诊断，并指导临床精准用药及耐药菌防控监测。

关键词

腹泻 / 宏基因组测序 / 病原体 / 毒力基因 / 耐药基因