《石河子大学学报（自然科学版）》前身为1975年石河子农学院编辑出版的《兵农科技》（油印本），1976年更名为《科技通讯》（铅印本）。后在出版《科技通讯》40期的基础上，于1983年创刊编辑出版了《石河子农学院学报》。1985年获得ISSN中国国家中心分配的国际标准连续出版物号ISSN 1000-2855，1997年5月变更为ISSN 1007-7383。
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