全基因组重测序解析德清朱鹮群体遗传多样性及群体遗传结构

摘要

本研究采用全基因组重测序技术检测了194只朱鹮(Nipponia nippon)群体的基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);通过分析最小等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量,解析了德清朱鹮群体的遗传多样性;通过构建状态同源(identity by state, IBS)遗传距离矩阵和G矩阵,分析了德清朱鹮群体的亲缘关系;通过构建基于IBS遗传距离矩阵的系统发育树,分析并划分了德清朱鹮群体的家系结构。结果显示:194只朱鹮群体经过质控后共获得144 219个SNP, SNP平均检出率为0.962,最小等位基因频率为0.169±0.050,多态信息含量为0.276±0.068,观测杂合度为0.338±0.099,期望杂合度为0.276±0.069,近亲繁殖系数为-0.206±0.071;德清朱鹮群体的IBS遗传距离为0.218±0.033,而且G矩阵的亲缘关系结果与IBS遗传距离矩阵的结果一致,均显示德清朱鹮群体中存在部分亲缘关系较近的个体;基于系统发育树分析,194只朱鹮可被划分为16个家系。综上所述,德清朱鹮群体遗传多样性中等,未出现较大程度的近交积累,部分个体间由于亲缘关系过近存在近交风险,后续可依据所划分的家系选配个体来避免近交。

关键词

朱鹮 / 全基因组重测序 / 遗传多样性 / 亲缘关系 / 家系结构