基于生物信息学分析RNA结合蛋白SAMD4家族在乳腺癌中的表达和功能差异

摘要

SAMD4(sterile alpha motif domain-containing protein 4)家族是一类进化上高度保守的RNA结合蛋白,包含SAMD4A和SAMD4B两个成员,其核心功能与RNA代谢调控相关,而二者的表达异常可能参与肿瘤的发生发展过程。近期研究显示, SAMD4A在乳腺癌中表达下降并发挥抑癌作用,但SAMD4B在乳腺癌中的功能尚未明确。基于此,本研究采用生物信息学方法系统分析SAMD4A与SAMD4B在乳腺癌中的表达及功能差异。多数据库整合分析显示,虽然SAMD4A和SAMD4B的蛋白质序列高度同源且结构域相似,但二者在乳腺癌中的表达模式截然相反:SAMD4A在乳腺癌组织中呈低表达,且其低表达与患者不良预后相关; SAMD4B则在乳腺癌组织中高表达,提示二者可能具有不同的功能属性。进一步分析显示,乳腺癌组织中SAMD4A的甲基化水平显著高于正常组织,而SAMD4B的甲基化水平呈相反趋势。此外,通过对与SAMD4A、SAMD4B共表达的40个基因进行GO功能、KEGG通路富集及蛋白质互作网络分析,筛选出二者调控乳腺癌发生发展的3个关键基因PDGFRA、COX7C和BRD4;同时,还分别鉴定出与乳腺癌进展相关的调控SAMD4A和SAMD4B表达的各2个上游微RNA(microRNA, mi RNA)。上述结果表明, RNA结合蛋白SAMD4家族在乳腺癌中的表达和功能存在明显差异,提示它们可能作为乳腺癌临床诊断与预后评估的重要分子标志物。

关键词

RNA结合蛋白 / SAMD4A / SAMD4B / 乳腺癌 / 生物信息学