朝鲜白头翁叶绿体基因组密码子偏好性分析

陈华; 孙向东; 张吉斯

doi:10.20212/j.issn.1008-2441.2025.04.005

鞍山师范学院学报 ›› 2025, Vol. 27 ›› Issue (04) : 30 -37. DOI: 10.20212/j.issn.1008-2441.2025.04.005

朝鲜白头翁叶绿体基因组密码子偏好性分析

陈华, 孙向东, 张吉斯

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摘要

以朝鲜白头翁叶绿体基因组为研究对象，运用生物信息学方法分析其密码子使用偏好及模式，以明确其密码子使用的偏好特征，为该物种叶绿体基因工程中外源基因的密码子优化及表达水平的提高提供参考.研究发现，朝鲜白头翁叶绿体基因组密码子三个位置的碱基组成呈不均衡性，RSCU分析筛选确定16个最优密码子且其中15个以A/U碱基结尾，这一结果表明朝鲜白头翁叶绿体基因组密码子倾向于使用A/U碱基结尾.此外，ENC值及其相关性分析表明，朝鲜白头翁叶绿体基因组密码子偏好性较弱，且密码子第3位碱基GC含量变化对其偏好性的影响大于其他两个位置.