白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性分析

摘要

利用CodonW、EMBOSS在线程序分析白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性，对芸香科、豆科、伞形科、木犀科以及模式植物拟南芥、烟草和番茄中F6′H1的基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析，研究影响白蜡树FcF6′H1基因密码子偏好性形成的因素，通过FcF6′H1与模式生物的密码子使用频率比较获得最佳受体。结果表明，白蜡树FcF6′H1的GC、GC1、GC2、GC3和GC12含量分别为0.431 2、0.512 5、0.349 0、0.432 1和0.430 8,CAI值为0.216,ENC值为57.84，表明白蜡树FcF6′H1基因的偏好性较弱；中性绘图、ENC-plot和PR2-plot偏倚分析结果表明，碱基突变和自然选择均会影响FcF6′H1密码子的偏好性；CDS进化树和RSCU值聚类分析结果不完全一致，但是均表明白蜡树FcF6′H1与木樨榄XM＿023028611.1、XM＿023036788.1、XM＿023034893.1聚为一类，确定了F6′H1基因的6个最优密码子，分别是CUC、AUC、AAG、GAG、UCG和ACA；密码子使用频率分析表明，模式生物中番茄和烟草适合作为遗传转化受体，大肠杆菌表达系统适合作为FcF6′H1的异源表达载体。文章初步阐明了白蜡树FcF6′H1基因密码子的使用规律。

关键词

白蜡树 / FcF6′H1 / 密码子偏好性 / ENC-plot / PR2-plot / 异源表达