不同光质处理下糙皮侧耳qRT-PCR内参基因的优化

摘要

为了筛选出适合分析糙皮侧耳在不同光质处理下基因特异性表达的内参基因，以糙皮侧耳菌丝为材料，在不同光质处理的菌丝转录组数据中筛选12个基因作为糙皮侧耳实时荧光定量PCR的候选内参基因，对其表达丰度和表达稳定性进行评价。设计的12个候选内参基因荧光定量引物具有良好的特异性，熔解曲线呈单一峰，各基因CT值在18～26之间。geNorm、NormFinder和BestKeeper表达稳定性分析显示，真核翻译起始因子编码基因（eIF1）、泛素结合酶编码基因（UBC）、40S核糖体蛋白编码基因（40SRP）和肌动蛋白编码基因（Actin1）在3种分析中的表达稳定性均位于前列。这4个基因在不同光质处理下的表达丰度从高到低依次为UBC、eIF1、Actin1和40SRP。eIF1和UBC可以作为靶标基因高丰度表达水平下的最佳内参基因组合；40SRP和Actin1可作为靶标基因中、低丰度表达水平下的最佳内参基因组合。

关键词

糙皮侧耳 / 内参基因 / 光处理 / qRT-PCR

基金资助

国家自然科学基金青年项目（32102455）; 河南省科技攻关计划项目（242102110311）