美洲南瓜全基因组InDel标记的开发与应用

董佳美; 杨永照; 孙柳清; 卢秋晨; 陈宛露; 武喆; 段颖; 雷逢进; 王长林; 薄凯亮

doi:10.16861/j.cnki.zggc.2025.0461

中国瓜菜 ›› 2025, Vol. 38 ›› Issue (12) : 9 -22. DOI: 10.16861/j.cnki.zggc.2025.0461

美洲南瓜全基因组InDel标记的开发与应用

董佳美, 杨永照, 孙柳清, 卢秋晨, 陈宛露, 武喆, 段颖, 雷逢进, 王长林, 薄凯亮

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摘要

美洲南瓜（Cucurbita pepo L.）遗传多样性丰富、用途广泛，是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一。为系统开发其全基因组InDel标记，对属于不同亚种的2份美洲南瓜种质Jin-GL(C. pepo ssp. texana)和HM-S2(C. pepo ssp. pepo)进行了Denovo测序，在每条染色体上筛选并成功验证了5个多态性InDel位点，共计开发了100个标记。利用81份南瓜材料对上述标记进行多态性检测，结果显示，供试种质遗传背景较为广泛（香农遗传多样性指数平均为1.00），标记多态性较高（多态性信息含量平均为0.56）。利用非加权组平均法（UPGMA）将81份材料在遗传相似系数为0.65时分为4个类群，第Ⅰ类包含45份材料，主要为ssp. texana的蔓生观赏类型美洲南瓜种质；第Ⅱ类包含34份材料，为ssp. pepo的栽培类型美洲南瓜种质；第Ⅲ类为1份野生南瓜种质；第Ⅳ类为1份印度南瓜种质。从100个多态性InDel标记中选取10个多态性最高的标记构建了指纹图谱。最后利用100对引物对237份美洲南瓜商品种（组合）进行了聚类分析，结果表明，在遗传距离为0.08时，籽用类型呈现出独立成群的趋势；此外，无论是肉用类型还是籽用类型品种（组合），大部分均呈现出遗传背景较为狭窄的趋势。本研究结果为美洲南瓜种质资源的遗传多样性分析以及新品种选育提供了理论依据。