基于高通量RNA测序分析Wilms瘤中关键基因对预后及免疫应答的影响

摘要

目的 探索肾母细胞瘤（WT）中关键基因及其对预后和免疫应答的潜在影响。方法 采用高通量RNA测序技术分析临床肿瘤样本和配对正常组织的m RNA全面表达谱，并鉴定差异表达基因。使用GO、KEGG和GSEA富集分析探索差异表达基因在肾母细胞瘤中的潜在生物学功能和机制。使用STRING数据库鉴定HUB基因。LASSO回归用于构建HUB基因预后模型。基于cBioPortal平台分析关键HUB基因的突变特征并对其免疫治疗效果进行预测。采用qPCR验证关键HUB基因的差异表达。结果 本研究筛选出1612个差异表达基因，其中1030个上调，582个下调。GO、KEGG或GSEA富集分析显示，差异基因集与细胞周期和免疫应答有关，一定程度上参与了WT的发生发展。基于STRING数据库构建差异基因的PPI网络，进一步确定了10个HUB基因。其中4个HUB基因（TP53、MED1、CCNB1和EGF）被证实与WT患儿的生存密切相关。通过LASSO回归分析构建WT患者的三基因预后签名，根据该签名将患者分为高危或低危组，生存分析显示显著的预后差异（HR=1.814, Logrank P=0.002）。该模型的3年、5年和7年生存ROC曲线的AUC值均大于0.7。突变分析显示，关键HUB基因整体突变或TP53/CCNB1的单独突变与较低的生存率密切相关，其中TP53高表达与较差的免疫治疗疗效有关。qPCR结果显示，关键HUB基因在肿瘤组织和细胞中呈现出显著的表达差异。结论 TP53基因在WT中发挥重要作用，可能成为新的免疫治疗生物标志物和治疗靶点。

关键词

Wilms瘤 / 肾母细胞瘤 / RNA测序 / 分子标志物 / 免疫微环境 / 预后模型

基金资助

重庆市自然科学基金（cstc2021jcyj-msxmX0345）; 儿童发育疾病研究教育部重点实验室基础研究一般项目（GBRP-202105）; 重庆市科卫联合医学科研项目（2022GDRC009）