早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证

摘要

目的 通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用，并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法 使用Rosetta软件，采用比较建模的方法，构建TAB1蛋白的三维模型；在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构，并解析其晶体结构和三维结构。Zdock3.0.2软件进行PML与TAB1的蛋白-蛋白对接，并提取最佳构象进行对接模型的分子结构分析。α-MMC处理的M1炎性巨噬细胞，利用免疫共沉淀技术检测两种蛋白的相互作用。结果 以PML的6IMQ为对接部位时，PML蛋白与TAB1蛋白能形成3个盐桥、6个氢键和6个疏水作用；以PML的5YUF为对接部位时，PML蛋白与TAB1蛋白能形成1个氢键、3个静电相互作用和9个疏水作用，两种对接模式皆能形成良好的分子对接和相互作用；在α-MMC处理4 h后，其PML-IP组的细胞裂解沉淀液中分别能检测到显著的PML和TAB1阳性蛋白条带。结论 PML蛋白与TAB1蛋白能发生较强的相互作用。

关键词

TAB1蛋白 / PML蛋白 / 生物信息学 / 蛋白-蛋白对接 / 免疫共沉淀