TTC9A在泛癌中的表达水平与多种癌症的预后和免疫微环境相关

摘要

目的 确定四肽重复蛋白9A(TTC9A)在泛癌中的基因表达及其预后价值，明确其与免疫浸润的关系。方法 R语言分析癌症基因组图谱及GTEx网站中TTC9A在不同肿瘤组织与正常组织中的表达及其与各种癌症的预后、DNA甲基化、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的关系；应用TIMER和x Cell比较TTC9A表达与免疫浸润的关系；运用免疫印迹法与RT-qPCR检测TTC9A在4种癌症中的表达情况。结果 生信结果显示与正常组织相比，TTC9A在多种肿瘤中mRNA表达水平升高，少数肿瘤中下调（P<0.05）。实验结果显示在肺癌、结肠癌和肝癌中，TTC9A的蛋白和mRNA水平均较正常细胞高，与泛癌分析结果一致；而在膀胱癌细胞系中的表达下降，与泛癌分析结果相反。在头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、低级别胶质瘤、恶性间皮瘤、子宫内膜癌等肿瘤中，TTC9A的高表达与更好的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关（P<0.05）；而在肺腺癌、胰腺癌、肾上腺癌、直肠腺癌中，高表达TTC9A与更差的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关（P<0.05）。在多形成性胶质细胞瘤、低级别胶质瘤、葡萄膜黑色素瘤、卵巢浆液性囊腺癌中，TTC9A高甲基化患者预后较好（P<0.05）；但是，在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌、头颈部鳞状细胞癌、肺鳞状细胞癌、肾上腺癌、子宫内膜癌中，TTC9A高甲基化患者预后较差（P<0.05）。TTC9A基因表达分别与7种和4种癌症类型的TMB和MSI显著相关（P<0.05）。在大多数癌症类型中，TTC9A与免疫细胞的浸润水平显著相关（P<0.05），尤其B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞。结论 TTC9A可作为多种癌症的预后标志物，且与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和免疫细胞浸润密切相关。

关键词

TTC9A / 泛癌分析 / 免疫微环境 / 预后

基金资助

国家自然科学基金青年科学基金（81903350）; 广东省基础与应用基础研究基金（2021A1515010007）