基于GEO数据库分析低温胁迫下拟南芥关键差异基因

贾祥; 苗彦军; 包赛很那

doi:10.19707/j.cnki.jpa.2020.06.003

高原农业 ›› 2020, Vol. 4 ›› Issue (06) : 558 -565. DOI: 10.19707/j.cnki.jpa.2020.06.003

基于GEO数据库分析低温胁迫下拟南芥关键差异基因

贾祥, 苗彦军, 包赛很那

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摘要

为了筛选低温胁迫下拟南芥关键差异基因,通过检索GEO数据库中关于拟南芥耐低温性的相关芯片,利用GEO2R进行差异基因的筛选,在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络。结果表明:确定芯片GSE3326中的GSM74894、GSM74895、GSM74900和GSM74901等4个样本为研究对象,共筛选出970个差异基因,其中486个上调基因,484个下调基因;通过DAVID在线功能富集分析,共得到生物过程31个条目、细胞组成11个条目、分子功能31个条目和KEGG富集通路共7个条目;发现COR15B、COR47、RHL41、CBF2、LTI30、DREB2A、AT4G36010、AT1G16850、AT1G51090、Gol S3等10各关键差异基因。