基于昼夜节律相关lncRNA预测上皮性卵巢癌预后风险模型的构建

摘要

目的:筛选昼夜节律相关lncRNA,建立预测上皮性卵巢癌(EOC)预后的风险模型，探索其与EOC发生发展可能存在的关系。方法:获取癌症基因图谱(TCGA)数据库中EOC患者的转录组数据和临床病理资料，从GeneCards下载昼夜节律相关基因，通过生物信息学分析筛选昼夜节律相关lncRNA并建立EOC预后预测模型。利用Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征性曲线(ROC)、C-index、校准曲线进行验证。基于R语言探索风险模型与化疗药物敏感性的关系，分析风险模型与免疫功能之间的相关性，构建列线图模型。实时荧光定量PCR检测EOC组织及正常卵巢组织中lncRNA相对表达。结果:构建了由AC004540.5、CTD-2013N24.2、FUT8-AS1、CTB-131K11.1、RP11-793H13.8组成的昼夜节律相关lncRNA的预后模型，在训练组与验证组都显示出较好的预测性能。高风险组对紫杉醇、多西他赛及环磷酰胺更敏感，低风险组对伊立替康及拓扑替康更敏感。高、低风险组间的差异表达基因富集在免疫相关活动和通路中，高风险与抗原呈递细胞共抑制、T细胞共抑制显著相关。RT-qPCR结果显示，AC004540.5、CTD-2013N24.2、FUT8-AS1、CTB-131K11.1、RP11-793H13.8表达差异趋势与大数据分析结果一致。结论:基于5个昼夜节律相关的具有预后价值的lncRNA风险模型可能是EOC的预后预测工具，有望指导患者的个体化治疗。

关键词

卵巢癌 / 昼夜节律 / lncRNA / 生物信息学