NFATc3敲除对肝癌细胞转录组的影响及其潜在靶基因的初步筛选

摘要

目的 探究NFATc3基因敲除对肝癌细胞转录组的影响，并对NFATc3调控的靶基因进行初步筛选，以期为明确NFATc3靶基因及寻找新的抗肝癌治疗靶点提供依据。方法 利用敲除NFATc3的SMMC7721细胞，在有或无仙台病毒(Sendai virus, SeV)感染时进行转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)检测，并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。对两组测序数据差异基因交集中的免疫相关基因进行PPI蛋白网络互作分析，并利用qRT-PCR实验验证敲减或过表达NFATc3对肝癌细胞内S100A8和S100A9表达水平的影响。利用数据库数据，分析肝癌中S100A8和S100A9 mRNA表达水平及预后。结果 经RNA-seq分析发现，肝癌细胞中NFATc3敲除后差异表达基因主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。PPI蛋白网络分析发现S100A8和S100A9可能是NFATc3的重要靶基因。qRT-PCR实验结果显示敲除或敲减NFATc3均可上调S100A8和S100A9的表达，而表达外源NFATc3则可下调S100A8/S100A9的表达。数据库分析显示，肝癌组织中S100A8/S100A9的表达水平显著高于癌旁组织，S100A8/S100A9高表达的肝癌患者与患者生存期短及预后较差相关。结论 肝癌细胞中NFATc3基因敲除影响的宿主基因功能主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。NFATc3可以抑制S100A8和S100A9基因的转录表达，S100A8和S100A9可能是肝癌中NFATc3调控的潜在靶基因。

关键词

RNA-seq / 活化T细胞核因子c3 / 差异表达基因 / 通路功能富集 / 靶基因