鸡胚胎期肌内脂肪形成lncRNA相关ceRNA网络构建

摘要

目的 筛选鸡胚胎期肌肉差异表达长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)及mRNA,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络，挖掘肌内脂肪形成的重要候选基因。方法 分别采集玫瑰冠鸡、科宝鸡胚胎期的肌肉组织进行转录组测序，利用生物信息学方法筛选差异表达lncRNA、miRNA和mRNA,对差异表达基因GO富集及KEGG信号转导途径分析，同时预测lncRNA-miRNA、miRNA-mRNA之间的靶标关系，结合基因表达分析，构建可能与肌内脂肪形成相关的lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络，利用qRT-PCR验证测序数据的准确性。结果 玫瑰冠鸡、科宝鸡的胸肌、腿肌间共差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA分别是5个、225个和146个，GO和KEGG结果表明靶基因均富集在脂代谢或脂生成相关信号通路上，构建由4个lncRNA、6个miRNA和6个mRNA组成16个节点的ceRNA调控网络。结论 成功构建鸡肌内脂肪形成相关ceRNA调控网络，为进一步探究肌内脂肪形成的相关分子调控机制提供参考依据，对今后优质肉鸡的选育奠定基础。

关键词

鸡 / 胚胎期 / 肌内脂肪 / lncRNA / ceRNA