番茄DET2基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

摘要

以番茄(Solanum lycopersicum L.)油菜素内酯合成途径中的DET2基因家族为研究对象，基于生物信息学分析，对番茄DET2基因家族成员进行了鉴定，并对这些家族成员的理化性质、启动子、系统进化、GO/KEGG功能富集、组织特异性表达等进行了分析，以期为DET2基因的功能研究提供参考。结果表明：DET2家族共有7个成员(SlDET2-1至SlDET2-7),亚细胞预测分析显示这些基因产物定位于细胞膜、细胞质及叶绿体；DET2家族启动子区域含有光响应、茉莉酸及低温响应等多种调控元件；系统进化分析将番茄DET2家族划分为5个亚族，与同属于茄科的辣椒和马铃薯等亲缘关系更近；共线性分析表明SlDET2-5/6/7在纯化选择压力下(Ka/Ks<1)通过串联重复事件扩张，种间共线性分析表明番茄与其他茄科物种共线性对数量显著多于非茄科物种；SlDET2-1/2/3在各时期不同组织中均有较高的表达量，SlDET2-2在花器官中表达量最高，SlDET2-5在整个生长周期的番茄叶片中都低表达。该研究为解析DET2基因家族在番茄逆境响应和果实发育调控中的分子机制提供参考依据。

关键词

番茄 / DET2基因家族 / 生物信息学