基于SNP标记的80份雪茄烟叶种质资源遗传多样性分析

杜帅斌; 李媛; 向小华; 焦芳婵; 夏长剑; 陈德鑫; 郭栋; 颜统晶; 梁滢玥; 吕洪坤

doi:10.26942/j.cnki.issn.1002-2481.2025.05.09

山西农业科学 ›› 2025, Vol. 53 ›› Issue (05) : 76 -83. DOI: 10.26942/j.cnki.issn.1002-2481.2025.05.09

基于SNP标记的80份雪茄烟叶种质资源遗传多样性分析

杜帅斌, 李媛, 向小华, 焦芳婵, 夏长剑, 陈德鑫, 郭栋, 颜统晶, 梁滢玥, 吕洪坤

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摘要

为了满足我国雪茄烟叶生产需求，海南、云南、四川等雪茄烟叶主产区积极引进国外雪茄烟叶品种进行试种，通过分析国外引进品种的遗传多样性对于去除重复引进种质和优良雪茄烟叶种质资源的高效利用具有重要意义。利用1.5K mGPS液相芯片对80份雪茄烟叶种质资源进行了全基因组基因型检测，一共得到1212个高质量的SNP位点。通过计算多态性指标发现，最小等位基因频率（MAF）的变化范围为0.05～0.50，平均值为0.19；多态性信息含量（PIC）的变化范围为0.0905～0.3750，平均值为0.23；杂合率大于2%的有18份，大于5%的有3份，80份雪茄烟叶种质资源间的位点遗传多样性较低。通过Admixture软件分析80份雪茄烟叶种质资源的遗传组分和群体结构，将供试材料分成7个亚群，7个亚群之间基因交流不频繁，群内遗传背景单一，少部分材料具有混合的遗传背景。利用plink软件计算IBS遗传距离，通过精准鉴定，去除3份重复种质并准确区分其余相似种质。