晋汾白猪CXXC5基因的生物信息学分析及表达

摘要

CXXC5是一种含有CXXC型锌指结构域的蛋白质，参与多种生物学过程，在基因表达调控中发挥重要作用。为研究CXXC5基因的生物学特性及其在晋汾白猪骨骼肌不同发育阶段和不同组织中的表达差异，通过多种生物信息学软件对CXXC5基因进行分析，包括蛋白质理化性质、亚细胞定位、信号肽预测、二级和三级结构特征等。基于1、90 d和180 d晋汾白猪的背最长肌组织转录组测序数据，构建了CXXC5基因的表达谱，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)评估了90 d晋汾白猪心、肝、脾、肺、肾、背肌、背脂组织中CXXC5基因的表达水平。生物信息学分析结果显示，猪CXXC5蛋白分子质量为32 968.81 u，等电点为9.35，主要定位于细胞核，是一种亲水性非分泌蛋白且不稳定，无规则卷曲、α-螺旋和延伸链是构成该蛋白二级结构和三级结构的主要方式。qRT-PCR结果显示，CXXC5基因在背最长肌中90 d表达量最高，180 d表达量最低；在肝脏中的表达量显著高于其他组织，其次是背肌，在肺脏中相对表达量较低。综上，CXXC5在骨骼肌不同发育阶段中的表达具有显著差异，其是骨骼肌生长发育过程中的重要调控因子之一。

关键词

晋汾白猪 / CXXC5基因 / 生物信息学 / 蛋白质理化性质 / 亚细胞定位 / 信号肽预测