原代人口腔角质细胞在产黑普氏菌作用后的转录组分析

摘要

目的 探究产黑普氏菌（Prevotella melaninogenica,P.m）作用下原代人口腔角质细胞（primary human oral keratinocytes,pHOK）的转录组变化，并在人口腔角质形成细胞（human oral keratinocyte,HOK）细胞系中进行验证。方法 分离培养pHOK，并与P.m共培养4 h与24 h，提取总RNA，构建基因文库，转录组测序，分析差异表达基因，并进行基因本体论（gene ontology,GO）通路分析与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析，在HOK与P.m共培养模型中采用qRT-PCR及Western Blot对差异基因进行验证。结果 在pHOK与P.m共培养4 h组与对照组间上调表达的差异基因有：淋巴细胞胞浆蛋白1(lymphocyte cytosolic protein 1,LCP1)、角蛋白7(keratin 7,KRT7)、纤毛和鞭毛相关蛋白251(cilia and flagella associated protein 251,CFAP251)等，下调表达的差异基因有：含FERM、RhoGEF和Pleckstrin结构域蛋白1(FERM, ARH/RhoGEF and Pleckstrin domain protein 1,FARP1)、WW结构域转录调控因子1(WW domain containing transcription regulator 1,WWTR1)、含Discoidin、CUB和LCCL结构域蛋白2(Discoidin, CUB and LCCL domaincontaining protein 2,DCBLD2)等，共1 788个差异表达基因；24 h组与对照组间上调表达的差异基因有：LCP1、补体C1s(complement C1s,C1S)、犬尿氨酸酶（kynureninase,KYNU）等，下调表达的差异基因有：磷酸丝氨酸转氨酶-1(phosphoserine aminotransferase 1,PSAT1)、FARP1、FKBP型脯氨酰异构酶10(FKBP prolyl isomerase 10,FKBP10)等，共1 832个差异表达基因；其中共同差异表达基因（common differentially expressed genes,cDEGs）有LCP1、KYNU、长链非编码RNA958(long intergenic non-protein coding RNA 958,LINC00958)等1 090个，差异均具有统计学意义。通过GO数据库分析，cDEGs主要富集到细菌对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应、细胞的顶端部分等；通过KEGG分析，cDEGs富集到的通路有白介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体通路等；从cDEGs中筛选肌球蛋白1B(myosin1B,MYO1B)在HOK与P.m共培养模型中进行验证，qRT-PCR及Western Blot检测结果表明，MYO1B的表达在对照组和P.m刺激组之间存在显著性差异（P<0.001），且其表达随P.m刺激时间的延长及刺激浓度的增大而递增。结论 P.m对口腔角质细胞的转录组存在重要影响。

关键词

口腔扁平苔藓 / 产黑普氏菌 / 转录组测序 / 肌球蛋白1B / 上皮屏障功能 / 白介素-17信号通路 / 肿瘤坏死因子信号通路 / Toll样受体通路 / 细胞顶端部分