基于RNA-seq技术对大骨鸡垂体及下丘脑组织的SNP/InDel分析

张洁慧; 戴天姝; 邹爽; 王春强; 马巍

doi:10.14188/j.ajsh.2021.02.008

生物资源 ›› 2021, Vol. 43 ›› Issue (02) : 160 -165. DOI: 10.14188/j.ajsh.2021.02.008

基于RNA-seq技术对大骨鸡垂体及下丘脑组织的SNP/InDel分析

张洁慧, 戴天姝, 邹爽, 王春强, 马巍

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摘要

下丘脑和垂体调节母鸡的生殖生理和产蛋性能。为了解其产卵调控机制,利用RNA-seq技术对高产和低产庄河大骨鸡的下丘脑和垂体组织进行测序和分析,获得SNP/InDel位点,并进行数据统计及生物信息学分析,以鸡基因组作为参考,对SNP所在基因进行GO富集分析。结果显示:SNP/InDel纯合子变异体数量高于杂合子变异体数量,垂体组织中的SNP/InDel数量高于下丘脑组织;SNP类型转换种类少于颠换,但转换类型的数量却远远高于颠换;垂体组织中的SNP所在基因的GO富集程度与生产性能呈负相关关系(P<0.05),下丘脑组织中的SNP所在基因的GO富集程度与生产性能呈正相关关系(P<0.05)。研究结果为大骨鸡的选育以及改善其生产性能的研究提供了理论依据。