白及MSI1基因的序列分析及SSR多态性分析

黄恻隐; 赵永彬; 陈荣辉; 李林; 闻伟锷; 徐德林

doi:10.14188/j.ajsh.2021.03.003

生物资源 ›› 2021, Vol. 43 ›› Issue (03) : 218 -224. DOI: 10.14188/j.ajsh.2021.03.003

白及MSI1基因的序列分析及SSR多态性分析

黄恻隐, 赵永彬, 陈荣辉, 李林, 闻伟锷, 徐德林

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摘要

通过对白及(Bletilla striata(Thunb.)Rchb. f.)的IRA1多拷贝抑制子(multicopy suppressor of IRA1,MSI1)基因序列进行生物信息学分析,并根据其核苷酸序列设计简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物,进一步验证其在多个白及地方种中高度的保守性。运用Protparam、SOPMA、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析白及MSI1蛋白的理化性质和结构域;DNAMAN、MEGA软件分别进行氨基酸多序列比对与系统进化分析;分析序列中的SSR位点并对多个白及品系进行PAGE检测和验证。结果显示,克隆得到的BSMSI1基因全长为3 700 bp,共编码了601个氨基酸残基,预测蛋白质分子量为65 309.75kg/moL,等电点为5.95,表现出高度的保守性,而且发现不同地区的白及BSMSI1基因在遗传上具有多样性。本研究拓展了对BSMSI1序列的认识,新开发标记能有效应用于MSI1基因的检测和育种鉴定,同时也可为其他物种的MSI1基因研究提供参考。