柯萨奇病毒A组10型感染RD细胞的转录组学分析

摘要

探讨柯萨奇病毒A组10型（coxsackievirus A10, CV-A10）感染人横纹肌肉瘤（rhabdomyosarcoma,RD）细胞的基因表达谱变化，为深入理解CV-A10致病机制提供重要基础数据。本研究将CV-A10以感染复数（MOI）为0.1的剂量感染RD细胞12 h后提取总RNA，通过RNA-Seq技术获取RD细胞中的全部转录本信息，基于生物信息学的方法对差异表达基因进行GO(gene ontology, GO)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。结果显示，共筛选到2 610个差异表达基因，其中表达上调的基因有1 582个，表达下调的基因有1 028个。随机选取8个差异表达基因，经RT-qPCR验证后发现，其变化趋势与转录组数据一致。GO和KEGG富集分析结果显示，差异表达基因主要聚焦于细胞内信号转导、mRNA加工、抗病毒免疫反应等过程。结果表明，CV-A10感染可能会引起RD细胞发生自噬。

关键词

柯萨奇病毒A组10型 / 人横纹肌肉瘤细胞 / 转录组学